导航技术工程中心成立于2000年，其前身是1958年成立的导航与自动控制教研组，半个世纪以来始终致力于惯性仪表、惯性导航系统及机电控制技术的教学和科研工作。
导航技术工程中心基于国内外惯性技术发展状况，以精密仪器、机械工程、材料科学与工程、电子科学与技术、自动化、计算机科学与技术等国家重点学科为依托，重点开展高精度机电式陀螺仪、高精度惯性导航系统、微机械惯性仪表的应用基础及工程技术研究。
导航技术工程中心以承担重大、重点国防科研项目为主，同时还承担科技部863、国家自然科学基金等项目，2008～2010年共承担科研项目二十余项。
通过近年来的实验室建设，初步搭建了国内一流、国际先进水平的实验与研究平台，成为我国高精度惯性仪表及导航技术领域高层次人才培养基地，是提供基础理论与技术支撑的创新研究平台和核心技术源头。在国防科研工作中，实验室取得了一系列的研究成果，形成了自己的研究特色，特别是高精度机电式陀螺仪和MEMS惯性仪表方面已得到国内外同行的认可，达到国际先进水平。
现有实验室面积3000 m2，其中超净和恒温实验室面积550 m2。设有精密计量、特种焊接、电子焊接、环境例行试验、陀螺测试、导航系统测试、MEMS惯性仪表测试等实验室，拥有一批先进的仪器及设备：包括坐标镗床、数控磨床、数控车床、超声波加工机床、精密激光刻蚀机等精密加工设备；无油超高真空扩散焊机、氩弧焊机、激光焊机、多功能离子束镀膜机、精密回流焊机等特种工艺设备；高精度三坐标测量机、圆度仪、卧式测长仪、表面轮廓仪、电子经纬仪、光学自准直仪、超高真空检漏仪等精密计量设备；高精度双轴伺服转台、高精度三轴伺服转台、大型三轴摇摆台等惯性元件及系统精度测试设备；电磁振动台、快速高低温试验箱、高低温测试转台等环境例行试验设备；网络/频谱/阻抗分析仪、动态信号分析仪、七位数字电压表、高精度通用计数器、高精度函数发生器等通用电子仪器测试设备。
清华大学导航技术工程中心是中国惯性技术学会的发起和常务理事单位，多年来一直在本领域的学术交流、技术咨询、人才培养方面起到重要作用。随着实验室学科发展和影响力的提高，积极参加惯性技术前沿技术交流，包括学者互访、培养国外留学生、参与国际学术会议等。
教学方面承担了面向全校的仪器、测试、控制方面的本科和研究生课程8门，其中1门被评为国家级精品课程。实验室拥有仪器科学与技术一级学科博士点以及仪器仪表学科博士后流动站。每年可招收硕士研究生4～5名，博士研究生4～5名，博士后2～3名。
导航技术工程中心现有精密仪器系编制的教学科研人员14人，其中教授及研究员2人，副教授及副研究员7人，助理研究员2人，工程师2人。此外，还有博士后2人，技师1人，高级工1人。